כניסה 
עקבו אחרינו בפייסבוק בדיקת צ'יפ גנטי - נייר עמדה - Chromosomal micro-array analysis
 | |
|---|---|
| Chromosomal microarray - CMA | |
| האיגוד המפרסם | איגוד הגנטיקאים הרפואים בישראל |
| תאריך פרסום | מרץ 2016 |
| יוצר הערך |
|
| ניירות עמדה מתפרסמים ככלי עזר לרופא/ה ואינם באים במקום שיקול דעתו/ה בכל מצב נתון. כל הכתוב בלשון זכר מתייחס לשני המגדרים. | |
הקדמה
שינויים ציטוגנטיים מבניים יכולים להיות אנאופלאידיה (aneuploidy), הכוללים עודף או חסר של כרומוזומים שלמים, חסרים או עודפים גדולים, התקות (טרנסלוקציות), אינברסיות, ותוספות נפרדות של חלקי כרומוזומים (Marker chromosome).
קיים שימוש נרחב בשיטת CMA) Chromosomal Micro Arrays), שנועדו לגלות חסרים או עודפים מספריים (Copy number gains or losses) לא מאוזנים לאורך כל הגנום. בשיטה זו גם ניתן, בחלק מהמקרים (בתלות בשיטות ומכשירים הנמצאים בשימוש), לגלות גם אזורים של אובדן הטרוזיגוטיות (Loss of heterozygosity). אזורים אלה מאפשרים לזהות אזורי הורשה חד הורית מסוגים מסויימים (Isodisomy) או אזורים גנומיים זהים המורשים מההורים.
השימוש ב-CMA לגילוי שינויים גנומיים כמותיים (Copy number variants - CNV's), בפרטים עם עיכוב התפתחותי/פיגור שכלי/ פגיעה אינטלקטואלית, הפרעות בטווח האוטיסטי ומומים מולדים מדווח בהרחבה בספרות; בדיקת CMA היא אחת מבדיקות הקו הראשון בבירור של חולים אלה [1], [2]. השימוש בשיטה זו הוכר גם ע״י משרד הבריאות במקרים אלה כחלק מסל הבריאות (חוזר מנכ״ל משה״ב 2ו/25).
השימוש ב-CMA הפך לכלי חשוב גם בבירור הטרום לידתי. עבודות פרוספקטיביות גדולות הראו את היתרון של CMA על פני קריוטיפ באבחון טרום לידתי. במקרה של מומים מולדים הראה ה CMA אחוזי גילוי גבוהים והפך למעשה לבדיקה המומלצת במקרים אלה [3], [4].
יתרונות הבדיקה
- יכולת ביצוע אנליזה כמעט מכל רקמה, לרבות רקמה שמורה, או כזאת שלא ניתן לתרבת.
- יכולת גילוי של שינויים גנומיים כמותיים מזעריים (Copy number variants - CNV) שלא ניתנים לגילוי בבדיקת קריוטיפ
- היכולת לגלות אזורי ״אבוד הטרוזיגוטיות״ - Loss of Heterozygosity - LOH בחלק מהפלטפורמות
מגבלות הבדיקה
- חוסר יכולת לגלות אירועים גנומיים אשר אינם משפיעים על מספר השינויים הגנומיים, כגון התקות (טרנסלוקציות) מאוזנות, אינברסיות מאוזנות וכו'.
- חוסר יכולת לאתר מוזאיקה בדרגה נמוכה, גם כאשר יש שינויים גנומיים כמותיים לא מאוזנים.
- רק חלק מהשיטות (פלטפורמות) מגלות טריפלוידיה (Triploidy)
- לא כל האזורים הגנומיים נבדקים על ידי בדיקת CMA
- טכנולוגיות CMA הקיימות, אינן מאפשרות גילוי של שינויים מתחת ליכולת אבחון הסמנים (על פי הגדרת היצרן), מוטציות נקודתיות, ביטוי גנים או הפרעות במתילציה, אשר יכולות לתרום לפנוטיפ המטופל.
- CMA לא יגלה שינויים גנומיים קטנים או שינויים נקודתיים הגורמים למחלה מסוימת. על כן, אם לא נמצאו שינויים באזור מסוים, אין זה שולל את קיומה של תסמונת הקשורה לאזור זה
- בחלק מהמקרים מתקבלות תוצאות בעלות משמעות קלינית שאינה ברורה המחייבת המשך ברור, כולל בדיקת ההורים, ולעיתים גם לאחר השלמת ברור זה לא ניתן להגיע לתשובה חד משמעית לגבי המשמעות הקלינית של שינויים מסוימים.
- לא ניתן לגלות שינויים שהם Heterodisomy
שיטות ופלטפורמות לביצוע הבדיקה
קיימות מספר שיטות ופלטפורמות לביצוע בדיקת CMA.
- בשיטות המבוססות על שימוש בגלאים (probes) שהם על בסיס BAC's או על בסיס של Oligonucleotides נעזרים בהיברידיזציה של דגימת ביקורת על מנת לגלות שינויים גנומיים כמותיים.
- בשיטות על בסיס SNP - Single Nucleotide Polymorphisms יכולות לגלות, מלבד שינויים גנומיים כמותיים, גם שינויים באללים כגון הורשה חד הורית (LOH ,(uniparental isodisomy וטריפלואידיה.
- ללא קשר לפלטפורמה שבשימוש נדרש מהמערכת לזהות ממצאי חסר או עודף גנומי הכולל מספר מינימאלי של גלאים וגודל (הגבוה ביניהם) בהתאם להחלטת ועדה מקצועית נפרדת.